Najvyšším orgánom Národného jadrového fondu je rada správcov, ktorá je zároveň jeho štatutárnym orgánom. Jednou z hlavných úloh rady správcov je posudzovať žiadosti o poskytnutie finančných prostriedkov z Národného jadrového fondu. Pri posudzovaní sa kladie dôraz na účelnosť a hospodárnosť použitia prostriedkov fondu, ako aj na súlad s vnútroštátnym programom. Vnútroštátna politika a vnútroštátny program nakladania s vyhoretým jadrovým palivom a rádioaktívnymi odpadmi v SR je strategickým dokumentom pre oblasť záverečnej časti mierového využívania jadrovej energie na Slovensku, ktorý vypracúva a aktualizuje rada správcov v spolupráci so zákonom určenými osobami.

Rada správcov zasadá minimálne raz za mesiac a na zasadnutí prijíma rozhodnutia týkajúce sa hospodárenia s finančnými prostriedkami Národného jadrového fondu, strategických a administratívnych dokumentov, rozpočtu, ako aj  podkladov pre financovanie záverečnej časti jadrovej energetiky a nakladania s jadrovými a rádioaktívnymi materiálmi neznámeho pôvodu. Zápisnice zo zasadnutí rady správcov sú zverejňované na webovej stránke NJF.

Členovia Rady správcov NJF:

Dozorným orgánom Národného jadrového fondu, ktorý má za úlohu kontrolovať hospodárenie, účelnosť a hospodárnosť použitia finančných prostriedkov fondu, ako aj dodržiavanie právnych predpisov, ktoré sa týkajú tohto hospodárenia je dozorná rada. Členovia dozornej rady sú menovaní podľa § 7 ods. 4 zákona č. 308/2018 Z. z. o Národnom jadrovom fonde. Dozorná rada má päť členov. Predsedom dozornej rady je štátny tajomník Ministerstva financií Slovenskej republiky vymenovaný ministrom financií. Ďalšími členmi dozornej rady sú štátny tajomník ministerstva hospodárstva vymenovaný ministrom hospodárstva, podpredseda Úradu jadrového dozoru Slovenskej republiky (ÚJD SR) vymenovaný predsedom ÚJD SR, zástupca Ministerstva životného prostredia SR vymenovaný ministrom životného prostredia Slovenskej republiky a zástupca Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky vymenovaný ministrom zdravotníctva Slovenskej republiky.

Členovia Dozornej rady NJF:

Ing. Radovan Majerský, PhD., štátny tajomník Ministerstva financií Slovenskej republiky – predseda dozornej rady

Ing. et Ing. Filip Kuffa, štátny tajomník Ministerstva životného prostredia Slovenskej republiky – člen dozornej rady
Ing. Eduard Metke, CSc., podpredseda Úradu jadrového dozoru Slovenskej republiky – člen dozornej rady
Ing. Martina Dubníčková, Odbor verejného zdravia, skríningu a prevencie, Ministerstvo zdravotníctva Slovenskej republiky – člen dozornej rady

Ďalšími orgánmi jadrového fondu sú riaditeľ a hlavný kontrolór Národného jadrového fondu.

Riaditeľ je výkonný orgán jadrového fondu a za svoju činnosť zodpovedá rade správcov. Zúčastňuje sa na zasadnutiach rady správcov s poradným hlasom. Na zabezpečenie úloh vyplývajúcich mu zo zákona o Národnom jadrovom fonde zriaďuje skupinu odborných zamestnancov z technickej, ekonomickej a administratívnej oblasti a riadi jej činnosť.

Hlavný kontrolór je nezávislým kontrolným orgánom jadrového fondu. Jeho úlohou je kontrola finančných operácií, ktoré súvisia so zabezpečovaním zdrojov, ako aj s poskytovaním finančných prostriedkov jadrového fondu. Pri svojej kontrole dbá na hospodárnosť, efektívnosť, účinnosť, účelnosť, ako aj oprávnenosť nakladania s finančnými prostriedkami fondu.

Ing. Peter Neštický – riaditeľ Národného jadrového fondu
Ing. Ivan Horváth – hlavný kontrolór Národného jadrového fondu