Počas prevádzky, ako aj počas vyraďovania jadrových zariadení vznikajú odpady rôzneho druhu od bežných komunálnych odpadov až po odpady s vyššou úrovňou aktivity, s ktorými je potrebné v ďalších krokoch nakladať. Nakladaním s radioaktívnymi odpadmi (RAO) sa rozumie ich zber, triedenie, skladovanie, spracovanie, úprava, manipulácia a ukladanie.

Vo všeobecnosti v porovnaní s produkciou odpadov z prevádzky  vzniká v procese vyraďovania väčší podiel pevných rádioaktívnych odpadov súvisiacich s realizovanými demontážnymi a demolačnými prácami. Národný jadrový fond zabezpečuje financovanie nakladania s rádioaktívnymi odpadmi, ktoré vznikajú v procese vyraďovacích činností. Nakladanie s RAO, ktoré vznikajú pri prevádzke jadrových elektrární je hradené držiteľom povolenia na prevádzku jadrového zariadenia.

Prvým krokom v procese nakladania s RAO je ich zber a triedenie podľa spôsobu ich následného spracovania a úpravy. V prípade vyraďovanej jadrovej elektrárne A1 prevádzkové pevné odpady triedené neboli. Tento fakt stažil ich vyberanie pre ďalšie spracovanie a úpravu.

Hlavným cieľom spracovania RAO je zvýšiť bezpečnosť v ďalších fázach nakladania a zlepšiť technické a ekonomické parametre v etape úpravy a ukladania RAO. Tento cieľ je dosahovaný rôznymi spôsobmi, ako je oddelenie rádionuklidov z odpadov, zmena zloženia a redukcia objemu RAO.

Po procese spracovania sú rádioaktívne odpady následne upravené do pevnej formy vhodnej na prepravu, uloženie, prípadné skladovanie. Pri úprave je väčšinou odpad spevnený vhodným spôsobom (cementáciou, vitrifikáciou, fixovaním do alumino-silikátovej polymérnej matrice, tzv. SIAL matrice) a vložený do obalového súboru – napr. do oceľového suda a následne do vláknobetónového kontajnera.

Skladovanie RAO predstavuje ich dočasné umiestnenie do priestorov a objektov na to určených. Pri ukladaní RAO sa naopak jedná o umiestnenie do úložného zariadenia bez úmyslu následného vyberania, resp. akejkoľvek manipulácie s týmto odpadom. Ukladanie je teda konečný krok v procese nakladania s RAO.

Finančné prostriedky na nakladanie s rádioaktívnymi odpadmi z vyraďovania jadrovej elektrárne A1 a V1 predstavujú časť nákladov z celkových finančných prostriedkov vynaložených na vyraďovanie týchto jadrových elektrární. Finančné prostriedky Národného jadrového fondu  na nakladanie s rádioaktívnymi odpadmi (okrem ukladania rádioaktívnych odpadov v Republikovom úložisku RAO v Mochovciach) sú poskytované z analytických účtov jadrovej elektrárne A1 a jadrovej elektrárne V1. V prípade jadrovej elektrárne V1 je časť nákladov na nakladanie s rádioaktívnymi odpadmi z vyraďovania hradená zo zdrojov EÚ z Medzinárodného fondu na podporu odstavenia jadrovej elektrárne V1. V prípade jadrovej elektrárne A1 sú náklady na nakladanie s rádioaktívnymi odpadmi z vyraďovania tejto jadrovej elektrárne plne hradené z prostriedkov Národného jadrového fondu a to z odvodov určených na krytie historického dlhu.