Odpady, ktoré nespĺňajú kritériá pre uloženie v Republikovom úložisku rádioaktívnych odpadov v Mochovciach a vyhoreté jadrové palivo sú dlhodobo skladované v Integrálnom sklade, resp. v Medzisklade vyhoretého jadrového paliva v Jaslovským Bohuniciach. Ich konečné uloženie v hlbinnom geologickom úložisku sa v súčasnosti javí ako najvhodnejšie a jediné technicky realizovateľné riešenie konca palivového cyklu.

Vnútroštátna politika nakladania s vyhoretým jadrovým palivom a rádioaktívnymi odpadmi v SR z roku 2015 predpokladá dve alternatívy pre nakladanie s vyhoretým jadrovým palivom (VJP) spolu s rádioaktívnymi odpadmi neuložiteľnými v úložisku rádioaktívnych odpadov v Mochovciach  (tzv. „dvojitá cesta“):

1. 1. priame ukladanie VJP v hlbinnom geologickom úložisku vybudovanom na území SR; túto alternatívu uvažuje politika ako prioritnú,
   2. účasť na aktivitách, ktoré by mohli viesť k implementácii medzinárodného úložiska zdieľaného viacerými štátmi.

Hlbinné úložisko (HÚ) je jadrové zariadenie pre ukladanie vyhoretého jadrového paliva rádioaktívnych odpadov, ktoré je umiestnené pod zemou (obvykle viac ako niekoľko sto metrov pod povrchom) v stabilnej geologickej formácii, ktorá zabezpečuje dlhodobú izoláciu rádionuklidov od biosféry. Jeho vybudovanie a následná prevádzka trvá niekoľko dekád a program vývoja HÚ na Slovensku je zatiaľ stále vo svojej prípravnej fáze.

Podľa bezpečnostného štandardu Medzinárodnej agentúry pre atómovú energiu „Geological Disposal Facilities for Radioactive Waste, 2011“ má zjednodušená časová os vývoja HÚ nasledovné kroky:

Prvé štúdie k problematike hlbinného úložiska u nás boli spracované už začiatkom 90-tych rokov v bývalej ČSFR, následne po vzniku Slovenskej republiky prebiehal v rokoch 1996 až 2001 v gescii Slovenských elektrární projekt vývoja hlbinného úložiska na Slovensku. Najdôležitejším výstupom tejto etapy vývoja HÚ bol výber 5 perspektívnych lokalít na základe multikriteriálnej analýzy geologického prostredia celého Slovenska. Lokality jadrových zariadení a študijno-prieskumné lokality pre umiestnenie hlbinného úložiska v Slovenskej republike sú zobrazené na mape základných geologických štruktúr: 1 – Tríbeč, 2 – Veporské vrchy, 3 – Stolické vrchy, 4 – Rimavská kotlina, 5 – Cerová vrchovina.

Celkové náklady na slovenský program vývoja HÚ v rokoch 1996 – 2001 predstavovali približne 2,6 mil. EUR. Od roku 2001 došlo rozhodnutím riaditeľstva SE, a. s. k pozastaveniu programu. Tento stav trval prakticky až do roku 2012.

Od roku 2010 sa implementátorom hlbinného ukladania v Slovenskej republike stala spoločnosť JAVYS, a. s., ktorá obnovila program vývoja HÚ v SR. Od roku 2013 boli vypracované prehodnotené kritériá výberu lokality, bola aktualizovaná štúdia realizovateľnosti HÚ na Slovensku, boli vypracované odporúčania pre prácu s verejnosťou a v neposlednom rade boli vypracované plány pre ďalšie etapy programu vývoja HÚ. V rokoch 2017 – 2018 program vývoja HÚ pokračoval vypracovaním projektu geologickej úlohy pre dve najperspektívnejšie lokality, boli vypracované podrobné plány výskumno-vývojových činností a vypracované návrhy pre ekonomickú stimuláciu participujúcich lokalít. V tomto období (2013 – 2018) bolo na projekt HÚ poskytnutých z Národného jadrového fondu okolo 0,4 mil. EUR.

Celkové náklady na vývoj HÚ na Slovensku boli v roku 2017 vyčíslené na 2 700 – 3 600 mil. EUR, v závislosti na dĺžke prevádzky jadrových elektrární a geológii hostiteľského prostredia. Tieto prostriedky sú priebežne hromadené tak, aby bolo možné financovať aktivity potrebné pre všetky fázy vývoja HÚ. Príspevky jadrových zariadení na projekt HÚ sú proporčne rozdelené podľa množstva vyhoretého jadrového paliva a rádioaktívnych odpadov, ktoré bude z jednotlivých zariadení v HÚ uložené.