Vyhoreté palivové články vybrané z reaktorov jadrových elektrární VVER sú dochladzované niekoľko rokov (3-5 rokov v Jaslovských Bohuniciach, 6-7 rokov v Mochovciach) v bazénoch skladovania, ktoré sa nachádzajú v blízkosti reaktorov. Následne sú prevezené do Medziskladu vyhoretého jadrového paliva (MSVP) v Jaslovských Bohuniciach, kde budú vhodným spôsobom skladované niekoľko desiatok rokov, kým nebude povolená a realizovaná konečná etapa v nakladaní s vyhoretým palivom.

V súčasnosti prevádzkovaný Medzisklad vyhoretého jadrového paliva v Jaslovských Bohuniciach využíva skladovanie palivových článkov v bazéne naplnenom vodou (tzv. mokrý typ skladovania). Jeho pôvodné určenie bolo skladovať vyhoreté jadrové palivo po dobu asi 10 rokov do jeho bezpečného odvozu do ZSSR, čomu zodpovedala pôvodná skladovacia kapacita 5 040 ks vyhoretých palivových článkov. Po zastavení odvozu bola rozšírená kapacita mokrého medziskladu spočívajúca v zmene geometrie usporiadania skladovaných palivových článkov a s tým spojenú výmenu skladovacích zásobníkov. Skladovacia kapacita je aktuálne 14 112 ks vyhoretých palivových článkov, ktorá však v blízkej dobe už nebude postačovať pre skladovanie vyhoretého jadrového paliva zo všetkých prevádzkovaných jadrových elektrárni na Slovensku.

Z tohto dôvodu Jadrová a vyraďovacia spoločnosť (JAVYS, a. s.) v súčasnosti realizuje projekt  „Dobudovanie skladovacej kapacity vyhoretého jadrového paliva v lokalite Jaslovské Bohunice“, ktorý je plánovaný realizovať v dvoch etapách, pričom v prvej etape bude rozšírená skladovacia kapacita o minimálne 10 100 ks vyhoretých palivových článkov a v druhej etape o minimálne 8 500 ks vyhoretých palivových článkov. Nové skladovacie kapacity budú využívať technológiu suchého skladovania a mali by byť uvedené do prevádzky v roku 2022.

Náklady na skladovanie vyhoretého jadrového paliva z prevádzkovaných jadrových elektrární sú počas prevádzky hradené príslušnou elektrárňou a po začatí vyraďovacích činností budú uhrádzané z príspevkov naakumulovaných v NJF. V súčasnosti sú zo zdrojov NJF pokryté náklady na skladovanie 5 143 ks palivových článkov z jadrovej elektrárne V1. Z podúčtu g), ktorý je na tento účel určený bolo hradené aj seizmické zodolnenie MSVP, ako aj realizovaná úhrada nových skladovacích zásobníkov potrebných z dôvodu zvýšenia kapacity medziskladu. Do konca roku 2018 bola na tieto činnosti z NJF vynaložená suma 97,6 mil. EUR.